Кому мешает ДНК-генеалогия? - Анатолий Клёсов

Приходится на этом столь подробно останавливаться, потому что в последнее время усиленно распространяется легенда, которую безграмотно пропагандирует Балановский, что расчеты по снипам – значительно более точные, чем любыми другими методами. Историки могут принять эту легенду за чистую монету, и опять повторится ситуация последних 15 лет, когда практически все расчеты популяционными генетиками, опубликованные в академических журналах, были кардинально искажены, с завышениями до 300–400 %. Для расчетов на времена удаленные, как правило, более 5-10 тысяч лет назад, и тем более на 100–200 тысяч лет назад, когда число снип-мутаций исчисляется многими сотнями, расчеты по снипам действительно могут оказаться полезными, но вводимые постулаты, как равенство датировок для «параллельных» снипов, опять сводит эту пользу к нулю, если не к отрицательным величинам.

Так что я весьма критически отношусь к расчетам датировок по снипам, если они не подтверждены перекрестными расчетами с использованием других методов, например, по мутациям в гаплотипах. Но часто бывает, что другие методы непригодны, или нет соответствующих гаплотипов. Тогда приходится принимать то, что есть. Но часто бывает, что совпадение расчетов по снипам и гаплотипам вполне удовлетворительное. Это придает уверенность, что в принципе подход, основанный на числе снипов, правильный, но он нуждается в доработке.

Но, как мы видим, попгенетики опять в своем амплуа – Балановский уже провозгласил, что метод расчетов по снипам самый точный, и ненавистные ему расчетные подходы ДНК-генеалогии можно отставить. Это опять было провозглашено без какого-либо исследования, и единственная статья, в которой Балановский этот метод использовал, дала неверные результаты. Дело в том, что Балановский в своей манере выхватил из многих вариантов лишь одну скорость мутации – 122 года на снип, без малейшего ее обоснования или проверки, и опять получил неверные датировки (Underhill et al, 2015, 32 автора, Eur. J. Human Genetics).

Теперь обратимся к статье Балановского с 22 соавторами (PLOS ONE, 2015), которую он представляет в своей «дискуссии» наряду с образцовыми, в которой, как объявляет, определил константу скорости мутации, равную 0.78Х10-9 мутаций на нуклеотид в год. Надо же, и точность примечательная, с надежностью до второго знака, то есть почти 1 %, что, конечно, не бывает и быть не может, но он так объявляет. И на диаграмме в своей «дискуссии» он своё значение помещает прямо в яблочко, остальные светила зарубежной попгенетики гуляют со своими значениями вокруг, а «наша – лучше всех». Зная уровень Балановского как ниже среднего, я позволил себе усомниться, и данные пересчитал. И что получилось? Балановский взял данные по девяти казахам-аргынам, общий предок которых (по легендам) упомянут в хрониках в 1405 году, набросил 50 лет, выбрал из упомянутых девяти казахов шесть, привел их средний год рождения, и записал, что от общего предка до их современных шестерых потомков прошло 606 лет – замечаете, как работают попгенетики? Они возятся с мелочами, развивая якобы бурную деятельность, чтобы на «настоящую науку» было похоже, но пролетают по крупному там, в чем безграмотны. В итоге получается пшик. Так и здесь, после всей этой возни с единицами лет Балановский написал, что среднее число снип-мутаций у шестерых выбранных казахов от их общего предка равно 4.67.

Когда я вижу, что среднее число снип-мутаций указывают с точностью до третьего знака, у меня, как у известного персонажа Пелевина, рука тянется к пистолету. Те, кто так «подают данные», либо жулики, либо безграмотные. Либо оба в одном флаконе. Смотрим на данные. Вот – числа мутаций от «общего предка» до каждого из шести современных потомков: 5, 5, 4, 7, 5, 2. Любой, имеющий элементарное арифметическое образование должен знать, что среднего из этого набора с точностью до третьего знака (то есть фактически до 0.1 %) быть просто не может. Среднее здесь равно 4.67±1.11 без округления, с натяжкой – 4.7±1.1, а на самом деле 5±1. Но пусть пока без округления, тогда средняя скорость мутаций равна не 0.78×10-9, как объявляет Балановский, а (0.77±0.18) × 10-9 мутаций на нуклеотид в год, или между 0.59 × 10-9 и 0.95 × 10-9, то есть в том же интервале, где это определения были еще несколько лет назад, то есть между 0.6 и 1.0 миллиардных долей. И нужно ему было считать годы рождения казахов-аргынов с точностью до одного года? Мог спокойно им всем по сто лет поставить, и ничего бы в его расчетах не изменилось. Ничего нового Балановский со своим коллективом в уточнение константы скорости мутации не внес. Просто еще раз продемонстрировал вопиющую математическую безграмотность. И, конечно, полное отсутствие научной школы, что, впрочем, давно было ясно.

«Научные дискуссии» по Балановскому

Переходим к следующему разделу. После всех его провалов по всему тексту, забавно, что он еще чего-то там «обсуждает», и называет это «научные дискуссии». Но раздел небольшой, всего шесть маленьких абзацев. Рассмотрим все шесть. Первый – пустой, кроме того, что трехкратные отличия «скоростей Животовского» от более приличных и обоснованных констант скоростей мутаций стали, по его мнению, «предметом оживленных дискуссий». Типичный стиль Балановского, что-то сказать, но вопрос не решить, и даже не попытаться.

Второй абзац – совершенно невразумительный и неверный. Балановский пытается совместить несовместимое, и цитирует Животовского, что мутации в гаплотипах возникают, конечно, с «генеалогической» скоростью, но часть гаплотипов «элиминируются дрейфом генов» (причем здесь гены-то? Опять Балановского в «гены» понесло, говоря о гаплотипах Y-хромосомы, в которых никаких генов нет). И, мол, потому константа скорости уменьшается, становясь 0.00069 мутаций на маркер за 25 лет. Это, конечно, глупость. Во-первых, как это «элиминирование» вдруг остановилось именно на константе 0.00069, и после этого, выходит, «элиминирования» больше не было. Во-вторых, «элиминирование гаплотипов» уменьшает количество как гаплотипов, так и мутаций в них, но среднее число мутаций на гаплотип продолжает сохраняться, на то это и константа скорости мутации. Серьезным случаем «элиминирования» является «бутылочное горлышко» популяции, но после его прохождения, если прохождение состоялось, мутации в потомках появляются опять согласно константе скорости мутации в маркерах и гаплотипах. Балановский всё не может понять, что «скорость Животовского», она же «популяционная скорость», является результатом некорректного анализа выборок гаплотипов. Они, эти выборки, являются смесью разных ветвей, и их нельзя подвергать расчету «чохом», как нельзя рассчитывать «время полураспада» смеси разных радиоактивных изотопов. А это фактически то, что делают в попгенетике.

Во всех тех примерах, которые Животовский выдавал за «калибровку», никакого «элиминирования» не было. Было манипулирование с выбрасыванием гаплотипов и подгонка под нужный ответ. А на самом деле и полинезийцы, и цыгане (см. выше) имели хороший набор гаплотипов, из которых вообще ничего не нужно было выбрасывать. Было 37 гаплотипов полинезийцев в 10-маркерном формате, во всех гаплотипах 49 мутаций от базового гаплотипа, среди всех 37 гаплотипов было 8 базовых гаплотипов. Четыре гаплотипа выпадали из общей серии, как показывает дерево гаплотипов (см. А.А. Клёсов, «Происхождение славян», стр. 446). Даже если не выбрасывать те четыре гаплотипа, линейный метод дает 49/37/0.018 = 74 → 80 условных поколений, то есть 2000±350 лет до общего предка. Логарифмический метод дает [ln(37/8)]/0.018 = 85 → 93 условных поколений, то есть 2325±850 лет. Если же снять те четыре выпадающих гаплотипа, то логарифмический метод даст [ln(33/8)]/0.018 = 79 → 86 условных поколений, то есть 2150±790 лет. Мы видим, что все эти датировки совпадают в пределах погрешностей расчетов.

Подобная же ситуация с гаплотипами цыган, которых было 179 человек. Если считать по 8-маркерным гаплотипам, то линейный метод дает 59/179/0.013 = 25±4 условных поколений до общего предка, логарифмический метод дает [ln(179/26)]/0.013 = 27±4 поколений. Если считать по 6-маркерным гаплотипам, то линейный метод дает 34/179/0.0074 = 26±5 условных поколений до общего предка, логарифмический метод дает [ln(179/146)]/0.0074 = 27±4 поколений. Как видим, все четыре датировки практически одни и те же. Какое «элиминирование», с которым Балановский неуклюже пытается выручить «популяционную скорость»… Ясно, что Животовский считал совершенно неправильно, произвольно выбрасывал гаплотипы и подтягивал датировки.

А Балановский пишет – «Иного объяснения трехкратным различиям скоростей в научной литературе предложено не было, и объяснение элиминацией части гаплотипов вошло в обиход». Здесь и незнание, и ложь в одной фразе. Во-первых, там не «трехкратное» различие, а разнообразное. У 6-маркерных гаплотипов средняя скорость мутации 0.00123 на маркер за 25 лет, то есть отличие от «популяционной скорости» в 1.8 раз, у 17-маркерных гаплотипов средняя скорость мутации 0.0365, то есть отличие от «популяционной скорости» в 3.1 раз, у 25-маркерных гаплотипов – в 2.7 раз, у 37-маркерных гаплотипов – в 3.5 раз. Что касается того, что объяснения предложено не было – это ложь, я об этом подробно писал еще в 2009 году в журнале Human Genetics, там вся статья на шести страницах посвящена «методу Животовского».