Кому мешает ДНК-генеалогия? - Анатолий Клёсов

Когда я работал вице-президентом «публичной» компании по производству новых композиционных материалов (хотя принял приглашение перейти туда, полагая, что буду там заниматься биохимией и биотехнологией), я создавал новые материалы, но отнюдь не был специалистом в машиностроении и эксплуатации экструдеров, хотя немало в этом понимал, и освоил сопромат в такой степени, что написал об этом большую главу в книгу, которая есть на Amazon (700 страниц) и переведена на несколько языков. Никто не называл меня «лжеинженером», напротив, я считаюсь одним из немногих в мире специалистов в своем направлении (см. название книги).

Последние годы я активно занимаюсь ДНК-генеалогией, и это – естественное продолжение моего базового образования (я заканчивал кафедру акад. Н.Н. Семенова) и опыта работы в течение многих лет. И вдруг – к моему изумлению – раздался хор голосов российских попгенетиков, что я там «не специалист», потому что «не генетик». Помилуйте, при чем здесь генетика? Я изучаю картину мутаций в Y-хромосоме, я не занимаюсь генетикой. Чтобы создавать новые композиционные материалы, мне не нужно стоять у экструдера, это делают механики, инженеры, операторы. Но оказалось, что ментальность российских попгенетиков (в первую очередь) такова, что у них генетика все застилает. Но генетики не владеют тем, чем владею я, потому и допускают чудовищные искажения в расчетах. Они не так расчитывают, не так интерпретируют получаемые данные. И потому этот истошный, пардон, крик – «лжегенетик», «лжеученый». Похоже, что я им просто мешаю. И это у них переходит в истерику.

Давайте, ребята, не голосить, а каждый заниматься своим делом. Я не умею того, что умеете вы, а вы не умеете делать то, что умею я, и думать как я. Я «нутром чувствую» скорости мутаций и константы скоростей мутаций, я живу в их мире. Для меня это – раскрытая книга. Поэтому я как рыба в воде в гаплотипах, в мутациях в них, я знаю, гаплотипы какой протяженности подобрать для разных случаев анализа, потому что в одних мутации слишком частые, в других – слишком медленные. Первые – для недавних общих предков, вторые – для очень древних, вплоть до миллионов лет назад. Для последних – набор для самых «медленных» констант. Например, в DYS472 одна мутация происходит в 100 тысяч (!) условных поколений, то есть за 2.5 миллионов лет. Вот с такими бесполезно работать в «исторические времена», но удобно работать с временами в сотни тысяч лет назад.

Теперь, уважаемый Игорь Тоноян-Беляев, я могу перейти к заданному Вами вопросу:

>мне кажется, что в основном в рассуждениях оперируют довольно частными выкладками, чаще всего забывая эксплицитно (пусть и очень-очень кратко) описать всю методологическую последовательность получения результата.

То, что Вы хотите получить, в формате данного Форума не получится. Для этого нужно самому плотно заниматься тематикой. Далее, описать «всю методологическую последовательность» без «довольно частных выкладок» не получится тем более. Потому что каждый этап методологической последовательности надо иллюстрировать на конкретных примерах. Именно потому я настоятельно советовал сначала прочитать ту серию из четырех статей по линкам, данным выше. Плюс ту статью-лекцию в «Математической морфологии», линк на которую я также дал, и пусть название журнала не пугает.

Я бы также отослал интересующихся к серии моих статей, ряд из них в соавторстве с И.Л. Рожанским, талантливым исследователем, в журнале Advances in Anthropology[216] (2011–2014). Лаборанты от науки причитают, что «он не индексируется». Меня это беспокоит меньше всего, я смотрю на статьи, а не на индекс.

Вот статья Underhill et al (2010)[217] была в индексированном журнале, наверное, а толку что? Оказалась в основных выводах неверной. Статья Клейна была, наверное, в чем-то индексированном, а толку что? Оказалась неверной. Индексированность – это, наверное, инструмент ВАК, или как она теперь называется, и имеет смысл, чтобы отсечь публикации соискателей в разных сборниках, которые никто не читает. А здесь – журнал, который читают десятки тысяч человек, посмотрите счетчик просмотров и «скачиваний»[218]. Но я попробую дать некую канву, и пояснить, что в Ваших вопросах имеет отношение к ДНК-генеалогии, и что имеет к «соседним» дисциплинам. Что касается книг, так они написаны. В книге «Происхождение человека» (М., 2010) на стр. 174 начинается Часть 2 – «ДНК-ГЕНЕАЛОГИЯ», и по сути вводная часть идет до стр. 251. А потом – обзоры по гаплогруппам от А до Т, со всеми расчетами для сотен примеров. В ноябре 2014 г вышла книга «Арийские народы на просторах Евразии» (М.), и глава 1 там называется «Основы и главные положения ДНК-генеалогии» (стр. 12-1-41). Глава 5 – ископаемые гаплогруппы и гаплотипы (стр. 175–213). На подходе – учебник «ДНК-Генеалогия. Практический курс».

Так что на Ваш основной вопрос я уже фактически ответил.

Теперь коротко дополню по другим вопросам.

Вопрос 1 (каким образом установлено, что тот участок Y-хромосомы, на котором затем выделяются классификационные локусы (снипы и т. п.), не рекомбинирует с X-хромосомой) – для генетиков, им карты в руки.

Вопрос 2 (какова, очень в целом, структура этого нерекомбинантного участка (понятно, без перечисления всех миллионов пар оснований, но с указанием того, какова длина и как выделяются микроучастки?) – см. стр. 13–17 в книге «Арийские народы…», особенно стр. 14.

Вопрос 3 (как выделяются различные локусы, по какой причине выделяются именно они, и из чего они состоят? – не только аббревиатурами второго уровня абстракции, но и простой последовательностью АЦГТ, поскольку об этом средний человек еще имеет какое-то представление) – см. п. 2

Вопрос 4 (как устанавливается различная или одинаковая скорость мутации на различных участках этой нерекомбинантной части?) – см. мои объяснения выше про пары отец-сын, на примере примерно 1700 пар в статье[219]. Об этом подробно будет в учебнике, который готовится.

Вопрос 5 (как строится сама классификация гаплотипов, без отрыва от их материального соответствия?) – тоже будет в учебнике, который готовится (Примечание, введенное позже – не очень понятно, что вкладывается здесь в понятие «классификация гаплотипов» – протяженность? Порядок и число маркеров? – см. первые главы в настоящей книге).

Вопрос 6 (как эти гаплотипы объединяются в родственные, и на каком основании среди них определяется общий предковый гаплотип – присутствует ли он в самом наборе, или его нужно реконструировать?) – см. п. 5. Дополнительное пояснение – см. статью по линку в журнале «Математическая морфология», там дан подробный пример с серией гаплотипов Киргизии. В том случае его и реконструировать не надо, он и так ясно виден. Но иногда нужно реконструировать по минимизации числа мутаций, и отсюда ясно, почему я в свое время ввел термин «базовый гаплотип», он не обязательно «предковый».

Вопрос 7 (как характерные локусы в различных участках Y-хромосомы (несоседние) коррелируют между собой?) – см. п. 5.

Вопрос 8 (критический разбор всех методик определения возраста расхождения популяций с учетом различных локусов) – элементарно, Ватсон. См. п. 5

Вопрос 9 (можно ли считать, что скорость мутации одинакова, и экстраполяции в прошлое не зависят от глубины промежутка времени?) – вся совокупность данных говорит о том, что не зависят. Если кто-то утверждает обратное – как правило, опирается на ошибочные данные, если вообще на что-то опирается. Датировка в 200 тысяч лет назад практически совпала по снипам и мутациям в гаплотипах. Датировка в насколько миллионов лет назад близка по мутациям в «медленных» гаплотипах и другим (антропологическим) оценкам. Во всяком случае, концептуально одни и те же данные. Примечание – см. выше в настоящей книге.

Вопрос 10 (на каком основании, кроме выделения ДНК из одиночных останков и ареала современного распространения носителей того или иного [суб]клада, устанавливается ареал носителей данного [суб]клада в конкретный исторический промежуток? – особенно, лежащий глубже в веках, чем начало первых городских цивилизаций – где разобраться проще) – анализируется динамика мутаций в гаплотипах и их соответствующая датировка по всей Евразии (например), желательно с привлечением данных по ископаемым гаплотипам. Но и без них многое было найдено по мутациям в Y-хромосоме, и ископаемые гаплотипы подтвердили. Иногда ископаемые гаплотипы дали информацию, по которой не было данных по современным гаплотипам. Иногда экстраполяция по современным гаплотипам давала, скажем, 3600 лет назад, а ископаемые (того же субклада) нашли с датировками 7000 лет назад. Значит, было бутылочные горлышко популяции.

Конкретный пример – я уже давно (2012) опубликовал статью по эрбинам (R1b)[220], описал, что они вышли из Южной Сибири примерно 16 тыс лет назад (так показали датировки), в районе Урала они имели 7000 лет назад, на Кавказе – 6000 лет назад, в Анатолии – 6000 лет назад, у предполагаемых предков шумеров 5500 лет назад, то же у ближневосточных евреев (той же гаплогруппы) – 5500 лет назад, на Пиренеях -4800 лет назад, там же у басков – 4000 лет назад, в Центральной Европе – 4500 лет назад (в том числе ископаемые R1b в Германии), на Островах – 3500 и 200 тыс лет назад (разные субклады).